农业微生物资源利用学科群是由农业部批准建设的、专门从事农业微生物利用的科研群体，是国家农业科技创新体系的重要组成部分，是凝聚和培养优秀农业科技人才，组织行业科技创新，开展学术交流的重要基地。主要开展农业微生物资源收集、保藏、鉴定、利用评价，生物防治、环保、食品和饲料用、转基因生物用、农业蛋白质工程用微生物遗传改良、微生物代谢物的农业利用等研究。其中包括1个综合性重点实验室、6个专业性重点实验室和5个农业科学观测实验室站。