农业部农业微生物资源收集与保藏重点实验室（英文名称：Key Laboratory of Microbial Resources Collection and Preservation, Ministry of Agriculture），于2011年11月8日挂牌成立，属于农业微生物资源利用学科群。农业部农业微生物资源收集与保藏重点实验室，整合中国农业微生物菌种保藏管理中心，微生物资源与利用研究室、食用菌产业科技研究室以及农业部微生物肥料和食用菌菌种质量监督检验测试中心的科研力量，重点实验室人员39人，其中，博士生导师6人，研究员7人，副研究员11人，具有博士学位19人，硕士学位13人。拥有二级岗位杰出人才1人、三级岗位杰出人才3人。现代农业产业技术体系岗位科学家3人（包括首席专家1人），专业涉及微生物学、植物保护、植物营养与肥料、食用菌、生物技术等。

农业部农业微生物资源收集与保藏重点实验室依托目前已建成国内最大的综合性农业微生物资源库，研究方向包括农业微生物资源收集与鉴定、功能评价与筛选、分离培养与保藏、资源鉴别与应用等四个方面。