根据《农业部关于公布农业部重点实验室及农业科学观测实验站名单的通知》，农业部农业微生物资源利用学科群具体包括：

依托华中农业大学建设的农业部农业微生物资源利用重点实验室（综合性），依托中国农业大学建设的农业部土壤微生物重点实验室，依托南京农业大学建设的农业部农业环境微生物重点实验室，依托河南农业大学建设的农业部农业微生物酶工程重点实验室，依托中国农业科学院资源与农业区划研究所建设的农业部农业微生物资源收集与保藏重点实验室，依托吉林农业大学建设的农业部北方食用菌资源利用重点实验室，依托上海市农业科学院建设的农业部南方食用菌资源利用重点实验室，依托内蒙古农业大学建设的农业部东北区域农业微生物资源利用科学观测实验室站，依托塔里木大学建设的农业部西北区域农业微生物资源利用科学观测实验室站，依托福建省农业科学院建设的农业部东南区域农业微生物资源利用科学观测实验室站，依托四川省农业科学院建设的农业部西南区域农业微生物资源利用科学观测实验室站，依托湖北省农业科学院建设的农业部华中区域农业微生物资源利用科学观测实验室站。