以科学发展观为指导，完善农业微生物资源采集、鉴定、保藏、发掘与利用，提升农业微生物学科自主创新能力、满足农业微生物产业发展的科技需求。统筹规划，完善功能，创新机制，提升能力，逐步建成布局合理、任务明确、协作紧密、运转高效的农业微生物资源利用“学科群”体系，并与现代农业产业技术体系和推广体系紧密衔接，为我国农业微生物学科和产业发展提供有力保障。

围绕学科发展前沿和国家重大产业需求，建设1个农业微生物资源利用综合性重点实验室；围绕产业发展、区域经济发展和学科建设的需求，建设6个农业微生物资源利用专业性重点实验室；围绕科学数据获取、技术集成研究和示范的需求，建设5个区域性农业科学观测实验站。整合国内优势力量，推动和建立上下贯通的技术体系，加强开放与交流，合力解决农业微生物产业发展的重大关键技术问题，增强国际竞争力，实现农业微生物科技与产业的跨越式发展。