围绕西北地区农业微生物资源的开发与利用，紧扣学科群主要研究方向，重点开展新疆地区特色农业微生物资源的收集与利用、农业土壤环境微生物的长期监测与开发利用、农业微生物新产品和新技术的集成试验研究与示范等3个领域的研究。

西北区域农业微生物资源的收集与利用

在长期连续的野外观测和实验室分析基础上，开展重要农业微生物资源的收集和评估工作。从物种、基因和宏基因组水平系统调查和收集极端微生物（细菌、放线菌和古菌）、荒漠植物内生菌、荒漠植物寄生真菌以及食药用真菌资源，评估所获取资源的遗传和代谢多样性，建立微生物种质库和信息数据库，进行农业微生物活性物质的筛选和开发利用。深入开展西北地区独特的具有较高食、药用价值的大型真菌子实体形成机理以及人工驯化研究，引种、筛选适合西部地区栽培的国内外特色食、药用真菌，为西部特色食、药用真菌的栽培推广奠定基础。

西北区域农业土壤环境微生物的长期监测与开发利用

以定点试验的方法，对新疆主要农作物（如棉花）根际土壤中的微生物群落结构、主要病原菌及固氮、解磷、解钾、菌根真菌等有益微生物进行长期动态监测，揭示出西北地区微生物群落结构演替规律；从干旱、盐碱等特殊环境中筛选对病原菌具有抑菌活性的微生物菌株，建立“抑病促生”活性物质分离检测的技术体系，为开发高效、低毒、特异性强的微生物农药提供菌株与材料支持；筛选解磷、解钾、固氮等植物促生菌，应用于作物生产，重点对促生微生物在作物根际的定殖及对土著微生物和农作物的影响进行监测，为开发高效作物促生菌剂提供理论依据与技术支持；针对西北地区农业生产中化肥、农药、地膜等投入大、使用不合理而造成农业面源污染日益加剧的问题。充分发掘利用降解农药残留污染、促进废弃物转化的微生物资源，并深入研究其代谢途径和环境适应机理，进行农业面源污染残留降解技术（主要是农药残留微生物降解菌剂）的应用和监测，为创建无公害绿色农产品品牌提供基础保障。

西北区域农业微生物新产品和新技术的集成试验研究与示范

加强与综合性重点实验室、专业性重点实验室及其它观测实验站的合作，积极开展功能性食用菌产品、新型微生物肥料、微生物农药、环保微生物制剂等的研制工作，并配合综合性及专业性重点实验室等进行新产品和新技术的集成试验研究与示范，促进科技成果转化。