根据西北区域、新疆自治区、兵团社会经济发展的需求，围绕新疆特殊环境下特色农业微生物资源开展长期科学观测，获取农业科学原始数据和基础数据，建立西北地区典型农区土壤微生物群落结构演替及对农作物生长影响的评估体系。
凝练研究方向领域，形成完善的具有区域特色和优势的研究方向。充分挖掘西北地区微生物资源优势，解决西部地区微生物多样性的形成、演变、保护和微生物资源可持续利用的重大理论和关键技术问题。
围绕农业微生物资源利用综合性重点实验室以及专业性重点实验室发展建设需要，接受综合性、专业性重点实验室的业务指导，为重点实验室的相关研究活动提供服务，开展新产品和新技术的集成试验研究与示范。
建立一个开放、先进、资源共享的科研大平台，加强与学科群内及国内外科研机构的学术交流与科技合作，形成有持续创新能力的学术梯队，发展壮大边疆科研人员队伍。
