食（药）用真菌种质资源收集评价与综合开发利用

针对西南区域极其丰富的野生食（药）用真菌种质资源，通过系统调查，收集、评价，挖掘资源利用价值和利用途径。对名优特野生食（药）用真菌资源进行驯化栽培；选育优良食（药）用真菌新品种，并进行配套生产和加工技术研究与产业化开发；开展菌渣资源的综合开发利用工作。

生物防治与微生物农药研究与集成示范

通过对生防微生物菌株的分离筛选，结合现代生物技术构建高效生防菌株的选育模型；根据作物病虫害特点与发生规律，研究各种生物农药对主要作物病虫害的防治效果；通过发酵工艺、菌株活性保持等工艺技术的研究，开发高效生物农药发酵产品与田间应用技术。

微生物肥料研究与开发

重点开展肥料用微生物资源的发掘与利用、西部特色经济植物、复合微生物菌剂的研制及应用和高效固氮微生物的选育及技术研究、集成与应用等四个方面的工作。

环境微生物研究与利用

重点进行有机废弃物降解与环境修复微生物资源的综合利用研究，并开展区域土壤微生物群落结构的监测。