针对西部农业微生物资源研究现状，围绕农业微生物资源高效利用和农业环境保护，收集、评价、保藏西部农业微生物资源，开展西部区域生态系统中微生物资源的综合利用及其在生态系统中的作用研究及相关技术的研究、集成和示范。不断推出以应用为主体的食用菌新品种、新技术，农用和环境微生物新技术、新产品，研究建立高效的农业微生物应用技术体系。把该观测实验站建设成为四川省乃至西部地区农业微生物的人才聚集与培养、开展学术交流与科技创新的基地，建成具有突出优势和特色的农业微生物资源研究专业机构。