农业部农业环境微生物重点实验室拥有一支高水平的人才队伍，现有教授/博导9人，副教授/硕导9人，具有博士学位的教师占83.3%，40岁以下教师12人，其中国家杰出青年基金1人，教育部新世纪人才2人，南京农业大学133工程青年骨干教师10人，学术带头人3人，江苏省青蓝工程骨干教师2人、学术带头人1人。