围绕农业生产产前、产中和产后，包括种植、养殖、农产品加工、农村能源与环境等领域紧密相关的微生物酶，开展新型高效产酶微生物种质及基因资源的收集、选育，为农用工程菌构建、动植物品种改良、农用酶品的开发提供优异的基因材料和菌种。

酶分子蛋白质工程

以蛋白质工程理论和技术为指导，利用蛋白质理性设计、基因Shuffling 技术、蛋白质定向进化、蛋白质分子组装等现代蛋白质工程技术，对酶蛋白分子进行设计和改造及固定化技术研究，提高酶的温度稳定性、pH稳定性和比活性。

酶发酵与应用技术研究

着力研发微生物酶工厂化液体发酵技术、固态发酵技术和智能化发酵过程控制技术，为农业生产提供新型高效酶品，全面推进微生物酶在农业生产中的应用。开发环保、农产品加工、农药农抗残留等检测用酶传感器和试剂盒。