拥有自动气象站、光合测定仪、冷冻干燥机、液相、液相/质谱仪、气质联用色谱、倒置显微镜、多功能立体解剖镜、全自动电脑控制节能玻璃温室、组培室、人工气候室、冷库、微生物自动鉴定仪，全自动微生物发酵设备和制剂工艺研究设备等；在福建省三明、龙岩、漳州、厦门等地陆续建立了十余个农业野外环境数据定点采集设施，开发完成了从现场采集、无线通讯链路、数据中心到应用展示的集成信息系统，收集整理了环境数据上千万个，可通过互联网站提供共享使用。在福建漳州、福清、建宁、宁德等地建设具备大型农业试验场和果实苗圃，装备有玻璃温室、育种网室等研究设施。