重点开展海峡西岸（福建省及周边）各种自然生态区内的微生物资源收集保存，兼从全国各地的特色生态区收集微生物，建立微生物种质资源及利用技术信息库。开展以芽胞杆菌为核心的农业微生物资源收集、保存和应用工作，采用现代生物学技术建立资源鉴定系统和评价方法，建立资源的快速筛选模型；在种质资源库的基础上采用常规诱变、细胞融合技术和基因改造技术等方法，创新微生物种质材料，提高微生物种质的效能；针对不同高效菌株的特性，自主研究个性化的微生物发酵生产工艺技术，建立相应微生物产品标准化生产关键技术体系，创制一批具有原创性知识产权的农业生物药物（农业微生物制剂）新产品。