围绕国家农业重大需求，立足学科前沿，着重从生物固氮与菌植互作、动植物病虫害的防治、农业面源污染的治理、食用菌开发等方面，开展有益微生物的利用和有害微生物的防治。通过微生物基因组学、蛋白质组学、转录组学、代谢组学和系统生物学等的研究，揭示微生物生命活动规律及微生物－宿主－环境相互作用机理，创制新型高效安全的微生物制剂与产品，为农业可持续发展提供新理论、新技术、新材料、新方法，培养高水平的创新型人才和创新团队，为提高我国农业的国际竞争力做好服务。