1.中国农业微生物菌种保藏管理中心（ACCC）

中国农业微生物菌种保藏管理中心（Agricultural Culture Collection of China 英文缩写ACCC），成立于1979年，设在中国农业科学院农业资源与农业区划研究所（1979-2003挂靠中国农业科学院土壤肥料研究所管理，2003年以后挂靠中国农业科学院农业资源与农业区划研究所管理）。中国农业微生物菌种保藏管理中心是中国国家级农业微生物菌种保藏管理专门机构，负责全国农业微生物菌种资源的收集、鉴定、评价、保藏、供应及国际交流任务。中国农业微生物菌种保藏管理中心，采用超低温冻结法、冷冻干燥法、矿物油保藏法和斜面转接法等保藏微生物菌株，中心设有液氮库、超低温冰箱库、4-10℃冷冻干燥菌种保藏库、4-10℃低温保藏库以及10-15℃低温矿油保藏库，中国农业微生物菌种保藏管理中心设有细菌和放线菌、根瘤菌、食用菌、植物病原菌、厌氧微生物、小型丝状真菌及酵母菌资源实验室，公共部分建有冷冻干燥室、数据管理室、菌种信息档案室、分类鉴定实验室、分子生物学实验室、培养室等。

2.农业部微生物肥料和食用菌菌种质量监督检验测试中心

“农业部微生物肥料和食用菌菌种质量监督检验测试中心”（以下简称“中心”）是在原“农业部微生物肥料质量监督检验测试中心”基础上，于2005年经复查评审后更名而来，是由中国农业科学院农业资源与农业区划研究所（原中国农业科学院土壤肥料研究所）承建的部级专业性微生物肥料和食用菌菌种质检机构。中心于1995年12月份首次通过部级双认证评审，并分别在2001年、2005年、2009年先后三次通过部级复查评审。同时，“中心”也是中国和北京市微生物学会农业微生物学专业委员会、中国植物营养与肥料学会微生物与菌肥专业委员会的挂靠单位。

3.农业微生物资源利用研究室

农业微生物资源与利用研究室成立于1957年，以以土壤微生物、农业环境微生物为重点，开展农业微生物高效菌种资源发掘与应用技术研究，为我国生物肥料、生物农药、生物饲料，以及土壤和环境微生物调节剂的开发提供技术支撑。研究室从事的主要研究领域为农业微生物菌种资源保藏与共享、微生物肥料基础与应用技术研究、环境微生物与城乡废弃物资源化利用。主要研究方向有下列几个方面：（1）微生物肥料应用技术开发与增产培肥机理研究（包括固氮、溶磷、解钾、抗病促生、杂草生防、生态调节等）；（2）城乡废弃物微生物转化与资源化利用（作物秸秆、畜禽粪便、城市污泥、餐厨垃圾等用于生物肥料、生物饲料等）；（3）农村环境环保生物技术研究与应用（农田污染修复、生活垃圾肥料化、废水处理、低温沼气等）。

4.食用菌产业科技研究室

食用菌产业科技研究室前身为农业微生物资源与利用研究室的食用菌组，2004年根据学科调整，调至农业部微生物肥料和食用菌菌种质量监督检验测试中心，2009年组建该室，目前，本研究室所在的农业微生物创新团队已进入中国农科院重点创新团队。研究室设有细胞学与生理实验室、分子生物学试验室、菌种检测试验室、国家食用菌标准菌株库和栽培试验基地。