针对农业微生物资源促高产、优质、环保和可持续发展等重大需求，开展农业微生物代谢、功能多样性资源收集、筛选评价和信息集成，开展农业微生物资源分离、保藏、鉴别技术等公益性研究，建设具有重要国际影响的农业微生物资源收集、保藏与利用的国家公益性平台，为我国现代农业发展提供技术和生物材料支撑。具体如下：
1.农业微生物资源的战略贮备库
微生物物种、遗传、功能、环境多样性菌株的收集、保藏
农业重要应用功能类群、模式菌、检定菌株等收集、保藏
微生物基因、载体等生物材料的收集、保藏
植物内生、病原微生物收集、保藏
2.具有国际先进水平的农业微生物菌种资源中心
农业微生物资源分离、鉴定先进技术平台
微生物保藏技术的平台
微生物基础生物学研究与功能评价
发掘、鉴定农业用重要功能微生物菌株及基因
农业微生物资源信息整理与服务
3.国家农业微生物资源工作人才培养基地
硕士、博士等高级专业科技人员培养基地
