农业部南方食用菌资源利用重点实验室以上海市农业科学院为依托单位，采用学术委员会指导下的主任负责制的运行机制。

本实验室以进一步加强食用菌标准化生产技术的集成、推广和示范为依托，通过引进消化、吸收和再创新的方式，全面提高我国食用菌工厂化生产水平为手段，着重从以下五个方面展开工作。一是加强对我国丰富的食用菌种质资源的研究；二是加强食用菌新品种的驯化和选育技术的研究；三是加强秸秆作为栽培基质替代品和栽培料废料循环利用的研究；四是加强食用菌中活性因子的研究；五是加强食用菌产品质量控制标准的制定。

农业部南方食用菌资源利用重点实验室的建立，将有针对性地加强影响食用菌产业发展研究领域的研究，有效地促进食用菌学科创新能力的提高，高效地解决食用菌产业发展所遇到的各种矛盾。