拥有“国家食用菌工程技术研究中心”、“农业部南方食用菌资源利用重点实验室”、“上海出口食用菌优良菌种标准化繁育中心”、“国家食用菌加工技术研发分中心”、“国家外专局引进国外智力基地”、“中国农业微生物保藏中心食用菌分中心”、“上海市农业遗传育种重点实验室菌物分室”、“上海市天然药用资源研究开发中心”等国家和上海市的科研平台。中国农学会食用菌分会设在我所。