农业部土壤微生物重点实验室已经具备了包括电子显微镜、超速/高速冷冻离心机、FPLC、HPLC、GC/MS、厌氧工作站、5-42L自动发酵罐、凝胶成像系统、脉冲电泳系统、冷冻干燥机、紫外可见分光光度计、超低温冰箱等仪器设备，可保证科研的顺利进行。所有仪器及配套设施在工作时间均对外开放，设备的用前培训和使用、维护已形成了制度，大部分设备使用率大于70%。