吉林农业大学充分发挥学科优势和办学经验，以教育部食药用菌工程研究中心为平台，建设食用菌专业性重点实验室，对我国食药用菌产业发展具有巨大推动作用。

食药用菌工程研究中心于2007年由教育部批准成立。该中心是在原吉林农业大学菌物研究所的基础上建成的。在老一辈菌物学家周宗璜先生及其弟子李玉教授的带领下，经过30余年的建设和发展，走过了从植物病理学专业、菌类作物学科，到菌物研究所、食药用菌教育部工程研究中心的发展历程。

研究团队在李玉教授的带领下将基础理论与应用技术相结合，以创新成果为依托，研究解决北方食用菌工程技术难题，促进了食用菌产业升级。建成了位居国内前列水平的菌类种质资源库，筛选培育出40个食药用菌品种；创新改进了全日光栽培黑木耳等关键技术，改变了传统栽培模式。建立了食用菌业高新技术园区和26个产业化示范基地。明确了重要抗癌药用菌菌丝体的抗肿瘤作用；研制出新型菌物功能食品并转让。创造并推广产业化新模式和生产新工艺，累计创产值近60亿元。创办了《菌物研究》学术期刊，在我国创建了较完整的菌物科学与食用菌工程人才培养体系，培养了一大批不同层次的优秀人才。获国家自然科学奖二等奖、吉林省科技进步奖一、二、三等奖10余项，国家教学成果奖二等奖1项，获国家爱授权发明专利6项，对我国的菌物事业做出突出贡献。

该中心现有实验室面积4700平方米。目前包括菌物资源与保育、食药用菌遗传育种、食药用菌规范化栽培、菌物酶制剂开发、食药用菌产品与开发等几个研究方向；并建有中俄及中国白俄罗斯菌类资源保育中心、菌物标本馆及食药用菌人才培训基地和食药用菌产业化示范基地。

目前依托工程研究中心形成了从专科、本科、硕士至博士及博士后流动站的教育体系。现有教授10人全部为博士生导师、副教授3人、讲师6人、在读硕、博研究生及博士后研究人员100余人。研究团队承担着国家科技部、863、948、支撑计划、产业技术体系、国家自然科学基金等国家级、省部级和与企业合作的多项研究课题。

食药用菌工程中心为国内外从事有关食药用菌研究人员提供科研及成果转化的平台；为海外留学生短期回国工作提供宽松的科研与开发条件，促进国际合作与交流。提供东北地区相关企业的委托技术研究及相关技术服务，立足东北，振兴老工业基地，并面向全国，加速科技成果转化与推广，从而带动区域经济的发展。